Mikroorganisma adalah organisma kecil/halus dan hanya boleh dilihat di bawah mikroskop (microscope). Struktur dan saiz organisma yang berlainan adalah berbeza. Mikroorganisma yang berbeza tinggal di habitat yang berbeza dan kaedah pemakanan dan pembiakan mereka juga berbeza. Mikroorganisma boleh dijumpai
hampir di mana-mana sahaja dalam alam semula jadi ini seperti
dalam udara, air, tanah dan juga didalam badan organisma lain.